Việt Nam Quốc Tự được khởi công xây dựng vào ngày 12 tháng 10 năm 2014 (nhằm ngày vía Quán Thế Âm Bồ Tát), là công trình trọng điểm chào mừng Đại hội Đại biểu Phật giáo Thành phố Hồ Chí Minh lần thứ IX, cũng là để kỷ niệm ngày thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam (7 tháng 1 năm 1981). Tổng kinh phí đầu tư cho dự án Việt Nam Quốc tự là 250 tỉ đồng, trong đó phần chánh điện được đầu tư tu sửa với chi phí là 180 tỉ. Thành phố Hồ Chí Minh thu hồi và bàn giao lại hơn 7.200 m2 cho Việt Nam Quốc Tự xây chánh điện và các hạng mục khác.

Các hạng mục công trình đã hoàn thành gồm 5 tầng với những công năng khác nhau, như tầng hầm rộng gần 8.000 m2 dùng làm bãi đỗ xe cho khách, tầng một là nơi bố trí hội trường, tầng hai là khu văn phòng... Đặc biệt, tháp bảo 13 tầng có tên là Tháp Đa Bảo, cao 63 m ngoài ý nghĩa biểu tượng cho tinh thần phụng sự, thống nhất của 13 tổ chức, hội đoàn, tông phái tham gia cuộc tranh đấu bất bạo động của Phật giáo vì hòa bình và bình đẳng tôn giáo tại miền Nam năm 1963; đây còn là nơi dự kiến sẽ tôn thờ xá lợi trái tim bất diệt của Bồ tát Thích Quảng Đức.

Ngày 7 tháng 11 năm 2017, công trình Việt Nam Quốc Tự xây mới chính thức được khánh thành.